二十世紀最后的夏天。那一天，人類終于知道自己并非地球這顆行星唯一的統(tǒng)治者。
巨型生物「怪獸」，以及驅(qū)逐怪獸的終極存在「哥斯拉」出現(xiàn)了。經(jīng)歷與怪獸之間長達半個世紀的戰(zhàn)爭，人類屢戰(zhàn)屢敗，最終計劃逃出地球。2048年，經(jīng)過中央政府管理的人工智能篩選，一部分人類乘坐跨恒星移民飛船「阿拉特拉姆」號踏上了前往11.9光年之外的「鯨魚座τ星e」的旅程。然而，人類花費20年所抵達的星球與地球之間的環(huán)境差距遠超預期，不適宜人類生存。
移民飛船上有一名青年——晴雄。4歲的時候，他親眼目睹父母被哥斯拉殺害。20年來他始終想著回到地球消滅哥斯拉。移民的可能性已經(jīng)灰飛煙滅，飛船內(nèi)的生存環(huán)境也越發(fā)惡劣，以晴雄為中心的「重返地球派」成為主流，他們決定經(jīng)過危險的長距離亞空間航行返回地球。
然而，地球經(jīng)過2萬年的演化已經(jīng)形成了以哥斯拉為頂端的生態(tài)體系，完全成為了一個未知世界。
最終人類能否奪回地球？晴雄的命運又將如何？